世界新动态:南昌大学学者建立中低通量基因分型新方法
(资料图)
南昌大学人类衰老研究所生命科学学院田小利等发表研究称,联合使用多重PCR 和毛细管电泳,建立了一种基于DNA连接酶链式反应的中低通量基因分型新方法,填补了中低通量位点分型缺乏准确、快速而又低成本方法的空缺。
研究者通过优化反应条件和等位基因特异性探针设计原则,实现10 ngDNA 样本一次性分型30 个等位基因多态性位点。
基于改进的DNA 连接酶中低通量基因分型方法,研究者完成了NOD 样受体基因NOD1 和NOD2 与冠心病的关联分析,发现NOD2 基因上位点rs1861759 和rs751271在非高血压条件下与冠心病相关。
该方法创新点在于:(1)在探针上加入人工特异片段控制产物长度和扩增的特异性,实现多个位点的分型在同一个反应中进行;(2)确定等位基因特异性探针设计原则,增加连接反应特异性,进而提高分型准确性;(3) 掺入荧光引物,借助高分辨率毛细管凝胶电泳,实现多个位点一次性检测,增加通量。4)与多重PCR 结合,降低模板DNA 用量。
研究者称,本方法对应于中低通量位点、大样本量的分型需求,这样分型条件一旦确定可以分型大量样本,平均到每个样本的分型成本和工作量较低。
此外,除了经济成本低,本方法的样本成本也很低。通常一代测序每个位点需要至少10 ng 的模板DNA,而本方法平均每个位点仅用低于1 ng 的模板DNA。
第三,本方法快速而准确性高,从预扩增到拿到结果1天内完成,且准确性与
一代测序相当。
来源:李扬,杨熹,田小利. 基于改进的DNA连接酶链式反应发现NOD2基因多态性与冠心病的相关性. 中国循环杂志, 2017, 32: 569.
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